Les laboratoires d'analyses médicaux et les laboratoires de recherche sont équipés d'aides logicielles pour gérer leurs données et leurs processus. Ces logiciels gèrent les opérations, y compris le traitement des échantillons, les résultats des tests et la communication avec les médecins.
Ce dossier sur les systèmes de gestion de l'information de laboratoire (SIL) détaille les types de logiciels, leurs fonctionnalités et leurs avantages, en incluant les solutions gratuites et professionnelles disponibles en 2025.
Qu’est-ce qu’un système d’information de laboratoire (SIL) ?
Un système d’information de laboratoire (SIL) est un logiciel informatisé conçu pour gérer l’ensemble des données et activités d’un laboratoire.
Il s’agit d’un outil de gestion intégré qui prend en charge tous les processus clés du laboratoire : traçabilité des échantillons, identification des utilisateurs, gestion des stocks et des approvisionnements, suivi des produits, traitement des échantillons, gestion des dossiers patients, enregistrement et diffusion des résultats d’analyses.
Dans les établissements de santé, le SIL est intégré au Système d’Information Hospitalier (SIH) et est souvent désigné sous le terme anglais LIMS (Laboratory Information Management System).
Les autres acronymes à connaître :
- SIL — Système d’Information de Laboratoire
→ Système informatique qui centralise et gère les données et activités d’un laboratoire. - SGL — Système de Gestion de Laboratoire
→ Logiciel qui organise la gestion logistique et administrative d’un laboratoire (stocks, ressources, planning…). - SIGL — Système Informatisé de Gestion de Laboratoire
→ Système complet et informatisé qui gère à la fois les données, les échantillons et les ressources d’un laboratoire. - SIG — Système Informatisé de Gestion
→ Terme générique pour désigner un système informatique de gestion, quel que soit le domaine. - LIMS — Laboratory Information Management System
→ Équivalent anglais de SIL/SIGL ; gère tout le cycle de vie des données de laboratoire (acquisition, analyse, stockage, archivage). - GLAO — Gestion de Laboratoire Assistée par Ordinateur
→ Ancien terme pour des logiciels automatisant certaines tâches du laboratoire (saisie, rapports, suivi d’échantillons).
Comparatif de 10 logiciels SIL/LIMS
Voici une liste d’exemples de logiciels SIL/LIMS (Systèmes d’Information de Laboratoire) disponibles sur le marché, largement utilisés par les laboratoires et proposant diverses fonctionnalités comme la gestion des échantillons, le suivi des analyses, l’automatisation des processus et l’archivage sécurisé des données :
Bika LIMS
Bika LIMS est une solution open source pionnière dans le domaine des LIMS, développée depuis 2002. Cette plateforme bénéficie d'une communauté internationale active et d'un track record ISO 17025 éprouvé sur plus d'une décennie.
- Exemples de fonctionnalité : Gestion complète des échantillons, workflows configurables, contrôle qualité intégré, génération automatisée de rapports, traçabilité complète, interfaçage avec équipements analytiques.
- Ce que l'on aime : Solution open source garantissant la transparence et l'évolutivité, communauté active de développeurs, coûts de licence inexistants, conformité ISO 17025 avérée, base de connaissances partagée entre laboratoires utilisateurs, expertise développée depuis plus de 20 ans.
- Profil d'établissement : Particulièrement adapté aux laboratoires cherchant une solution cost-effective et flexible, "irrespective of the discipline practised". Idéal pour les structures disposant de compétences techniques ou souhaitant maîtriser leurs coûts informatiques tout en bénéficiant d'une solution éprouvée.
- Lien : https://www.bikalims.org/
BoxyLab
BoxyLab est une solution française complète pour les laboratoires d'analyses médicales, intégrant l'intelligence artificielle BoxyBoy. Développée par IDEAL CONCEPTION, cette solution tunisienne se distingue par son approche innovante et sa conformité aux normes internationales.
- Exemples de fonctionnalité : SIL/LIMS 100% web destiné à la biologie médicale, interface intuitive et ergonomique, intelligence artificielle intégrée, modules inédits pour la biologie médicale, serveur de tâches automatisé, reconnaissance biométrique
- Ce que l'on aime : Solution logicielle innovante avec processus de laboratoire flexibles et fiables, conformité aux normes ISO 15189, automatisation avancée des tâches (archivage, communication, sortie), structure modulaire permettant l'enrichissement progressif, support technique exclusivement composé d'ingénieurs hautement qualifiés.
- Profil d'établissement : Particulièrement adapté aux laboratoires d'analyses médicales cherchant une solution moderne avec intelligence artificielle intégrée, idéal pour les structures souhaitant bénéficier d'une approche innovante
- Lien : https://www.boxylab.net/
Dedalus
SIL Dedalus représente l'une des solutions SIL les plus déployées en France, équipant près de 2700 laboratoires de biologie médicale principalement sur le territoire français et dans les DOM-TOM.
- Exemples de fonctionnalité : SIL complet de la phase pré-analytique à la diffusion des résultats, management de la qualité avec KaliLab, serveur de résultats patients/médecins, archivage à valeur probante, solutions Kalisil et Hexalis.
- Ce que l'on aime : Conformité aux normes ISO9001, NF EN ISO15189 et NF EN ISO17025, hébergement HDS certifié, expertise française du marché de la biologie médicale, support local, intégration avec l'écosystème de santé français.
- Profil d'établissement : Solution de référence pour les laboratoires français cherchant une expertise locale éprouvée, particulièrement adaptée aux structures souhaitant bénéficier d'un accompagnement de proximité et d'une connaissance fine des spécificités réglementaires françaises.
- Lien : https://www.dedalus.com/
LabVantage
LabVantage LIMS est une plateforme informatique de laboratoire leader mondial, reconnue par Frost & Sullivan comme leader pendant 3 années consécutives. Cette solution intègre LIMS, ELN, LES et capacités analytiques avancées.
- Exemples de fonctionnalité : Plateforme end-to-end intégrant LIMS, ELN, SDMS et analytics, déploiement SaaS ou on-premise, application mobile IoT, intelligence artificielle AILANI, tableaux de bord temps réel.
- Ce que l'on aime : Architecture cloud moderne, solutions pré-configurées par industrie, capacités d'analytics self-service, déploiement rapide, reconnaissance internationale, intégration native des nouvelles technologies (IA, IoT).
- Profil d'établissement : Adapté aux laboratoires de toutes tailles cherchant une solution globale et évolutive, particulièrement intéressant pour les structures internationales ou souhaitant bénéficier des dernières innovations technologiques du marché.
- Lien : https://www.labvantage.com/
Clinisys Laboratory Solution
Clinisys Laboratory Solution propose une plateforme SaaS intégrée hautement configurable, capable de gérer à la fois les workflows LIMS et SIL dans une approche unifiée.
- Exemples de fonctionnalité : Plateforme SaaS unique gérant workflows LIMS et SIL, gestion des échantillons et des données centralisée, rapports personnalisés, optimisation des flux de travail, architecture cloud native.
- Ce que l'on aime : Approche flexible patient-centrée ou échantillon-centrée selon les besoins, évolutivité cloud, processus standardisés mondiaux, temps de déploiement réduit, conformité réglementaire intégrée.
- Profil d'établissement : Solution moderne pour laboratoires cherchant une approche SaaS flexible, particulièrement adaptée aux structures souhaitant une solution évolutive sans contraintes d'infrastructure IT lourde.
- Lien : https://www.clinisys.com/
CLARILAB
Solution Française, CLARILAB se distingue par son approche unique combinant SIL et middleware généraliste intégré (MCA), proposée par Clarisys, seul éditeur français offrant cette combinaison complète.
- Exemples de fonctionnalité : SIL avec middleware intégré natif, gestion multi-sites, protocoles HL7/HPRIM/CDA-R2, numérisation de documents en flow, modules serveur de résultats et identification en salle de prélèvement.
- Ce que l'on aime : Middleware intégré évitant les interfaces multiples, interface intuitive, conformité et productivité optimisées, expertise française spécialisée, support de proximité, solution tout-en-un.
- Profil d'établissement : Particulièrement adapté aux laboratoires français cherchant une solution intégrée sans complexité d'interfaçage, idéal pour les structures souhaitant un interlocuteur unique et une expertise locale du marché français.
- Lien : https://www.clarisys.fr/clarilab/
LabCollector
LabCollector est une solution modulaire tout-en-un combinant LIMS et ELN, particulièrement appréciée pour sa facilité de configuration et son approche progressive.
- Exemples de fonctionnalité : Modules indépendants interagissant entre eux, ELN intégré, gestion complète des stocks avec punch-out fournisseurs, planification d'équipements, workflows configurables, capteurs IoT.
- Ce que l'on aime : Architecture modulaire permettant une adoption progressive, personnalisation étendue, excellent support client, version cloud ou on-premise, rapport qualité-prix attractif.
- Profil d'établissement : Solution flexible pour laboratoires de recherche et développement de toutes tailles, particulièrement adaptée aux structures cherchant une solution évolutive avec possibilité de démarrage progressif selon les besoins.
- Lien : https://labcollector.com/fr/
Sapio Sciences
Sapio Sciences propose une plateforme d'informatique de laboratoire alimentée par l'IA, unissant LIMS, ELN et SDMS sur une base commune avec des solutions dédiées pour la recherche scientifique, la découverte, la fabrication et le diagnostic clinique.
- Exemples de fonctionnalité : LIMS no-code entièrement configurable, ELN s'adaptant à tous les besoins de recherche, Scientific Data Cloud pour intégrer et unifier les données, assistant IA ELaiN pour les tâches scientifiques.
- Ce que l'on aime : Configurabilité radicale avec concepteurs de flux de travail, moteurs de règles en langage naturel, outils de visualisation intégrés pour l'analyse scientifique, intégration de l'IA générative pour accélérer la recherche.
- Profil d'établissement : Adapté aux laboratoires de recherche avancée cherchant une solution tout-en-un avec capacités d'IA, particulièrement pour les organisations nécessitant une flexibilité maximale et des analyses scientifiques poussées.
- Lien : https://www.sapiosciences.com/
SciNote ELN
SciNote est un cahier de laboratoire électronique basé cloud adopté par plus de 100 000 scientifiques mondialement, structuré autour de projets/expériences/tâches.
- Exemples de fonctionnalité : Structure projets/expériences/tâches, templates de protocoles, intégration protocols.io, recherche instantanée, conformité GxP et 21 CFR Part 11, application mobile native.
- Ce que l'on aime : Interface intuitive émulant le déroulement naturel de la recherche, flux de travail visualisés, sauvegarde automatique, mesures de sécurité élevées, large base d'utilisateurs internationale.
- Profil d'établissement : Particulièrement adapté aux équipes de recherche académique et industrielle cherchant un ELN pur, facile d'adoption, avec une approche collaborative forte.
- Lien : https://www.scinote.net/
STARLIMS
STARLIMS propose une plateforme unifiée d'informatique de laboratoire intégrant LIMS, SDMS, LES, ELN et Advanced Analytics en une solution unique.
- Exemple de fonctionnalité : Intégration native du LIMS avec SDMS, LES, ELN et solutions d'analyse avancée pour une vue holistique des opérations de laboratoire, automatisation des flux de travail de bout en bout.
- Ce que l'on aime : Plateforme unifiée éliminant les silos de données, stockage centralisé de toutes les données et documents du laboratoire, simplification de la gestion documentaire et de la qualité.
- Profil d'établissement : Solution adaptée aux laboratoires de santé publique et organismes réglementés nécessitant une sécurité maximale, une conformité stricte et une capacité de surveillance épidémiologique.
- Lien : https://www.starlims.com/
À qui s’adresse un logiciel SIL ?
Un logiciel SIL (ou LIMS) est conçu pour répondre aux besoins de l’ensemble des acteurs impliqués dans la gestion et l’exploitation des données de laboratoire :
- Laboratoires d’analyses médicales : pour gérer les échantillons, réaliser les analyses et transmettre les résultats aux patients.
- Laboratoires hospitaliers : pour communiquer avec le dossier patient de l’hôpital et respecter les normes réglementaires.
- Laboratoires de recherche et industriels : pour suivre les protocoles, organiser les expériences et assurer le contrôle qualité.
- Techniciens et préparateurs de laboratoire : pour enregistrer les résultats, tracer les échantillons et automatiser certaines tâches.
- Médecins et cliniciens : pour consulter rapidement et en toute sécurité les résultats de leurs patients.
- Responsables qualité : pour gérer les documents, préparer les audits et garantir la conformité aux certifications.
- Structures médico-sociales (EHPAD, centres de soins) : pour recevoir et suivre les résultats d’analyses des résidents ou patients.
Pourquoi utiliser un logiciel de gestion des informations de laboratoire ?
Tous les laboratoires, quel que soit leur domaine (analyses de biologie médicale, recherche, etc.) sont équipés d’un système de gestion des informations. Un SIL peut être associé à un serveur de résultats électroniques accessible aux patients.
L’utilisation d’un SIL permet d’optimiser l’organisation d’un laboratoire notamment :
- Il vise à sécuriser les données d’un laboratoire en apportant une exactitude dans le traitement et une accessibilité aux flots de données d’échantillons.
- Il réduit les erreurs s’il est bien planifié et s’il intègre un système d’alerte efficace des incohérences.
- Un SIL permet de mettre en œuvre rapidement des principes de bonnes pratiques de laboratoire.
- Il facilite la gestion de l’ensemble des processus du laboratoire (simplification des tâches administratives, gestion des stocks et des achats…), un SIL permet d’être en conformité avec les normes internationales (COFRAC, CFIS…). Les laboratoires doivent répondre aux nombreuses exigences règlementaires, par exemple ISO/CEI 17025, BPF, FDA 21 CFR Part11, etc. sous peine de ne pas pouvoir commercialiser ses produits.
- Un SIL fournit facilement les documents et les rapports nécessaires aux contrôles qualité et produit des statistiques utiles pour optimiser les processus de gestion des données du laboratoire. Il optimise ainsi grandement la traçabilité des données et des documents tout en améliorant également le respect de la confidentialité.
En conclusion, il faut souligner que les laboratoires ont aujourd’hui la nécessité de contrôler l’ensemble de la chaîne d’information et des processus de données afin d’en réaliser une bonne transmission et d’assurer une parfaite traçabilité.
Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel SIL ?
Les principales fonctionnalités d’un logiciel SIL sont nombreuses :
Les analyses de laboratoires
- gestion des analyses
- gestion des échantillons (enregistrement de chaque échantillon dès sa réception, enregistrement de toutes les données le concernant : date d’expiration, stockage, noms de chercheurs, source, position…)
- saisie de résultats
- gestion des méthodes d’analyse
- gestion de la traçabilité des lots
- gestion des informations patients
- analyse comparative des données en permettant un accès aux informations des patients
La gestion du laboratoire et des ressources
- gestion de la charge des laboratoires, notamment le temps unitaire passé par analyse et la capacité des équipements
- gestion des coûts (produits consommables, taux horaires, etc.)
- facturation
- contrôle des fournisseurs
- communication vers les autres logiciels
- aide à la décision
- enregistrement des incidents
La génération de rapports
- automatisation des rapports de traçabilité
- gestion des documents liés à la qualité
Comment choisir un logiciel de gestion de laboratoire ?
Le choix d’un Système d’Information de Laboratoire (SIL) repose notamment sur les critères suivants :
- L’interopérabilité avec les autres logiciels
→ le logiciel doit pouvoir communiquer et échanger automatiquement des données avec d’autres outils déjà en place. Exemple : un SIL qui s’interface avec le logiciel de facturation de l’hôpital, le dossier patient informatisé (DPI) ou un ELN déjà utilisé par les équipes de recherche. - La facilité de prise en main
→ l’interface doit être ergonomique et intuitive pour permettre une adoption rapide par le personnel. Exemple : un tableau de bord clair avec des raccourcis vers les fonctions courantes (saisie de résultats, suivi d’échantillons) et des tutoriels intégrés pour former les nouveaux utilisateurs. - L’adaptabilité à l’environnement
→ Le logiciel doit être modulable et personnalisable selon les besoins spécifiques du laboratoire. Exemple : pouvoir ajouter un module de gestion des stocks de réactifs ou modifier les formulaires d’analyse selon les types de tests réalisés. - La rapidité du système
→ Le SIL doit répondre rapidement aux requêtes et traitements de données, même avec un grand volume d’informations. Exemple : obtenir en quelques secondes l’historique complet d’un échantillon analysé il y a plusieurs années. - Le coût global
→ Il faut évaluer le prix de la licence, la maintenance, les mises à jour et la formation du personnel. Exemple : un logiciel open source peut être gratuit à l’achat, mais nécessiter un budget pour l’assistance technique et les mises à jour de sécurité. - La sécurité et la confidentialité des données
→ Le système doit respecter les normes de protection des données (RGPD) et garantir la confidentialité. Exemple : gestion des droits d’accès par profil utilisateur et chiffrement des données sensibles stockées dans le serveur. - La traçabilité et l’auditabilité → Chaque action doit être enregistrée et horodatée pour assurer l’intégrité des données.
Exemple : un journal d’audit qui conserve qui a modifié un résultat, à quelle date et pourquoi. - La fiabilité et la disponibilité du support technique → L’éditeur doit proposer un support réactif et compétent, en cas de panne ou d’anomalie.
Exemple : assistance téléphonique disponible 24 h/24 et 7 j/7 avec prise en main à distance pour résoudre les incidents critiques. - La capacité d’évolution du logiciel → Le système doit pouvoir s’adapter aux évolutions réglementaires, scientifiques et techniques.
Exemple : ajout possible de nouveaux types d’analyses, compatibilité avec de nouveaux instruments ou normes ISO. - La gestion de la qualité intégrée → Le SIL peut inclure un module QMS pour faciliter le suivi qualité et les audits.
Exemple : suivi automatique des non-conformités, gestion documentaire et préparation des audits ISO 15189.
Les autres logiciels complémentaires utilisés en laboratoire
ELN — Electronic Laboratory Notebook
Un cahier de laboratoire électronique qui permet aux chercheurs et techniciens de consigner leurs expériences, protocoles et résultats sous forme numérique. Il remplace les cahiers papier traditionnels, facilite la recherche, le partage et la sécurisation des données expérimentales, et permet un travail collaboratif.
SDMS — Scientific Data Management System
Un système de gestion des données scientifiques qui collecte, organise, stocke et archive toutes les données brutes et fichiers générés par les instruments. Il assure l’intégrité, la traçabilité et la conformité réglementaire des données tout au long de leur cycle de vie.
LES — Laboratory Execution System
Un système qui guide étape par étape les techniciens dans l’exécution des procédures opératoires standardisées (SOP). Il garantit que les instructions sont suivies correctement, réduit les erreurs humaines et renforce la traçabilité et la qualité des opérations.
MES — Manufacturing Execution System
Un système d’exécution de la production qui connecte les équipements, les données techniques et les systèmes d’information. En laboratoire, il sert à gérer et optimiser la production d’analyses ou de lots, tout en assurant un suivi en temps réel des processus.
ISA — Instrumentation Software Automation (Middleware)
Des solutions qui assurent l’interfaçage et la communication entre les instruments du laboratoire et les autres logiciels (LIMS, SDMS, etc.). Elles permettent le transfert automatique des résultats, évitant les saisies manuelles et réduisant les risques d’erreurs.
QMS — Quality Management Software
Un logiciel de gestion du système qualité qui centralise les documents, audits, non-conformités, actions correctives et indicateurs. Il aide à maintenir la conformité réglementaire, à assurer le suivi des processus qualité et à soutenir l’amélioration continue dans le laboratoire.
D'autres ressources :
- Société française d’informatique de laboratoire (SFIL)
Association à caractère scientifique destinée à promouvoir le développement et l’évolution des logiciels de laboratoires de biologie médicale. Site web : https://www.sfil.asso.fr/ - Guidebook for implementation of laboratory information systems in resource poor settings
par l’Association for Public Health Laboratories (Association des laboratoires américains de santé publique). URL : https://www.aphl.org/GH-2018Nov-LIS-Guidebook-web.pdf
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