Le logiciel de pharmacie, ou LGO pour logiciel de gestion d'officine, porte toute l'activité du comptoir : ordonnances, tiers payant, stocks, dossier pharmaceutique et nouvelles missions.
Ce guide compare 10 logiciels d'officine référencés Ségur disponibles en France en 2026. Il traite aussi trois sujets absents des comparatifs habituels : la certification LAD, la facturation électronique appliquée à l'officine et la vague 2 du Ségur.
Sommaire
- Comparatif des 10 logiciels
- LGO, LAD, LAP : les trois sigles
- Les logiciels par marque
- Socle fonctionnel et modules
- Stocks, commandes et sérialisation
- Facturation et tiers payant
- Ségur et ordonnance numérique
- Logiciels de PUI et d'hôpital
- Ce que le LGO ne remplace pas
- Quel logiciel selon votre profil
- Prix et retour sur investissement
- Points techniques à connaître
- Choisir et vérifier par vous-même
- Logiciel par profession
- Questions fréquentes
Comparatif des 10 logiciels de pharmacie en 2026
Les dix marques retenues disposent d'un référencement Ségur pour des versions précises de leur logiciel et traitent l'ordonnance numérique. Cliquez sur un nom pour accéder à sa fiche détaillée.
- LGPI / id (Pharmagest)
- Winpharma (Everys)
- Smart-RX (Cegedim)
- LEO Officine (Isipharm/Astera)
- Pharmony One
- Pharmaland (La Source Informatique)
- Vindilis
- PharmaVitale (CEPI)
- VisioPharm
- Crystal (Infosoft)
| Logiciel | Éditeur | Architecture | Ce qui le distingue | Profil d'officine |
|---|---|---|---|---|
| LGPI / id | Pharmagest (Equasens) | Client lourd et cloud | Leader historique, 32 agences en France | Fort volume, groupements, multi-sites |
| Winpharma | Everys (Arzon) | Windows et cloud | Premier éditeur indépendant, sans engagement | Toutes tailles, indépendants exigeants |
| Smart-RX | Cegedim | Client lourd et web | Écosystème e-santé Cegedim, téléconsultation intégrée | Groupements, exercice coordonné |
| LEO Officine | Isipharm (groupe Astera) | Hybride avec LEOcloud HDS | Modèle coopératif, support 6 jours sur 7 | Adhérents Astera, indépendants |
| Pharmony One | Pharmony | 100 % cloud SaaS | Compatible Mac, aucun serveur local | Multi-sites, mobilité |
| Pharmaland | La Source Informatique | Hybride Windows | Liberté de matériel et de fournisseurs | Indépendants, budget maîtrisé |
| Vindilis | Vindilis | Hybride Windows | Logistique avancée, adossé à Pharmabest | Grandes officines, fort volume |
| PharmaVitale | CEPI | Hybride Windows | Structure à taille humaine, hotline directe | Officines indépendantes |
| VisioPharm | VisioPharm | Client lourd Windows | Compatibilité robots universelle WWKS2 | Officines robotisées |
| Crystal | Infosoft | Client lourd Windows | Aucune option payante pour robot, étiquettes ou sérialisation | Petites officines, pharmacien à l'aise techniquement |
Architecture : « client lourd » signifie installé sur un serveur local et fonctionnel hors connexion. « Cloud » signifie accessible par Internet, avec mises à jour automatiques. « Hybride » combine les deux.
Notre sélection par situation. Cliquez sur un nom pour accéder à la fiche détaillée.
| Votre situation | Nos suggestions | Pourquoi |
|---|---|---|
| Vous reprenez une officine | WinpharmaPharmaVitale | Contrat sans engagement long, accompagnement au démarrage, sortie possible si le choix ne convient pas |
| Votre officine est robotisée | VisioPharmLGPI / id | Compatibilité WWKS2 large, sans dépendance à une marque de robot |
| Vous gérez plusieurs sites | Pharmony OneSmart-RX | Données centralisées, droits par officine, déploiement rapide d'un nouveau site |
| Vous travaillez sur Mac | Pharmony OneVindilis | Accès par navigateur ou compatibilité annoncée Mac et PC, sans émulateur |
| Vous adhérez à une coopérative | LEO Officine | Logiciel développé par et pour les adhérents, conditions négociées par la structure |
| Fort volume d'ordonnances | LGPI / idVindilis | Réseau d'agences dense, modules de pilotage, logistique dimensionnée pour les gros flux |
| Vous voulez rester indépendant | PharmalandCrystal | Choix libre du matériel et des prestataires, pas de groupement ni de grossiste imposé |
Sources : sites et documentations des éditeurs, publications de l'ANS et de la HAS, devis reçus. Relevé de septembre 2026.
Les données commerciales des fiches sont déclarées par les éditeurs. Faites-les confirmer par écrit. Nous ne vendons aucun logiciel et ne touchons aucune commission.
La synthèse annuelle 2025 du GIE SESAM-Vitale recense 12 logiciels pour 20 138 pharmaciens utilisateurs de la télétransmission. Les dix solutions comparées ici couvrent donc la quasi-totalité du parc actif.
D'autres marques circulent encore dans les officines, souvent après un rachat. ActiPharm (MSI 2000) a été repris par Isipharm en septembre 2025, avec migration progressive vers LEO. Alliadis est devenu Smart-RX. Si votre logiciel n'apparaît pas, vérifiez son statut sur le portail industriels de l'ANS.
LGO, LAD, LAP : ce que recouvre un logiciel de pharmacie
Trois sigles circulent dans les argumentaires commerciaux. Ils ne désignent pas la même chose et n'engagent pas les mêmes obligations.
La définition officielle du LGO
L'Agence du numérique en santé retient une définition précise. Un logiciel candidat au référencement Ségur en tant que LGO doit réunir cinq fonctions minimales.
- La facturation Assurance Maladie et le tiers payant en SESAM-Vitale, validés par le GIE SESAM-Vitale.
- La compatibilité avec le dossier pharmaceutique, validée par le Conseil national de l'Ordre des pharmaciens.
- L'historique des délivrances, autrement dit l'ordonnancier.
- Une base de données sur les médicaments et les produits de santé.
- La gestion des stocks de médicaments.
Un outil qui ne couvre pas ces cinq fonctions n'est pas un LGO, quel que soit son argumentaire. Une caisse enregistreuse classique, un logiciel de planning ou un module de merchandising n'entrent pas dans cette catégorie.
Aucun logiciel d'officine n'est certifié LAD
Un LAD, logiciel d'aide à la dispensation, est un logiciel dont au moins une fonction enregistre une dispensation de médicaments. Un LAP, logiciel d'aide à la prescription, édite les ordonnances côté prescripteur. La HAS établit un référentiel de certification pour chacun.
Ces deux certifications ont perdu leur caractère obligatoire avec la loi de financement de la sécurité sociale pour 2019. Le référentiel LAD d'officine en vigueur date de janvier 2022 et compte 117 critères. Il porte notamment sur la sécurisation des interactions et sur les médicaments à dispensation particulière.
Au 5 janvier 2026, la HAS indique qu'aucun LAD d'officine n'est certifié, et aucun LAD de pharmacie à usage intérieur non plus. Le tableau des logiciels certifiés est publié par la HAS et consultable librement.
La conséquence pratique : quand un éditeur parle de « logiciel certifié », demandez-lui par écrit de quoi il s'agit. Référencement Ségur, marquage CE et certification HAS des LAD sont trois choses différentes.
Le contraste vaut d'être noté. Côté prescripteur, l'ordonnance numérique de médicaments impose un LAP certifié HAS adossé à une base de médicaments agréée. Côté officine, la vérification pharmaceutique repose sur la base de données médicamenteuse intégrée au LGO, sans certification du logiciel lui-même.
Les logiciels de pharmacie par marque
Pour chaque solution : l'éditeur, les fonctions mises en avant, notre avis et le tarif communiqué. Les informations évoluent, confirmez-les auprès de l'éditeur avant tout engagement.
Fonctions mises en avant :
- Fiche patient id.patient qui centralise les services Ségur : INS, DMP, MSSanté, ordonnance numérique
- Entretiens pharmaceutiques, bilans partagés de médication et notes de vaccination intégrés
- Base médicamenteuse Claude Bernard en natif, avec alertes d'interaction
- Modules id.analytics pour le décisionnel, id.vocal+ pour la commande vocale, Offiseen pour la vidéosurveillance
- Robotique intégrée, préparation des doses via Multimeds, sauvegarde externalisée HDS
- Réseau de 32 centres de compétences pour l'assistance sur site
Fonctions mises en avant :
- winAutopilote pour automatiser les commandes en continu et traiter les ruptures
- winPrescription pour scanner le QR code d'une ordonnance et proposer la délivrance
- winStat pour le pilotage des marges, winPicking pour le rangement assisté
- winTeam, messagerie interne de coordination de l'équipe officinale
- Hébergement HDS, référencement Ségur V1 obtenu en décembre 2022
- Contrat sans durée d'engagement, migration annoncée sur une journée
Fonctions mises en avant :
- Nouvel Espace de Vente tactile au comptoir
- Téléconsultation intégrée via Maiia, du même groupe
- Phealing Secur.IA, double contrôle des dispensations par intelligence artificielle
- Smart 360 pour le pilotage de l'officine et la synchronisation d'un site marchand
- Casiers connectés, portiques antivol, encaissement automatique
- Sérialisation intégrée sans surcoût annoncé
Fonctions mises en avant :
- LEO Messenger pour la communication interne et entre officines de la coopérative
- LEOscan, application mobile pour la vaccination assistée, l'inventaire et la réception
- Application Mon LEO avec agenda partagé de rendez-vous patients
- Recherche prédictive produits et patients, vente directe depuis l'accueil
- Fonctionnement hors ligne possible avec sauvegarde cloud HDS
- Support 6 jours sur 7 et plateforme de formation intégrée
Fonctions mises en avant :
- Architecture cloud sans serveur local à maintenir, sauvegardes automatiques
- Accès multi-supports : PC, Mac, tablette, smartphone
- Application Companion pour les usages mobiles au comptoir et en réserve
- Mises à jour continues, conformité Ségur sans intervention sur site
- Commandes groupées et partage de classifications entre pharmaciens
- Gestion multi-sites centralisée pour les groupements
- Service client par courriel, du lundi au vendredi selon l'éditeur
Fonctions mises en avant :
- Front office : caisse automatique, terminal mobile, site marchand intégré, fidélisation
- Back office : achats et stocks avec géolocalisation, location de matériel médical
- IA-scan pour la reconnaissance des ordonnances numériques
- Compatibilité avec les robots et automates standards CD-API et WWKS2
- Passerelle vers le site e-commerce de l'officine
- Contrats sans engagement long, choix libre du matériel et des prestataires
Fonctions mises en avant :
- Bornes de self check-out pour les achats de parapharmacie
- Gestion d'entrepôt adaptée aux flux importants
- Étiquettes de rayon automatisées, conformes et prêtes à poser
- Compatibilité Mac et PC en simultané, multi-fenêtrage
- Reprise des données lors de la migration depuis un autre LGO
- Service centralisé de tiers payant et de statistiques
Fonctions mises en avant :
- Hotline directe, avec un temps de réponse moyen de cinq minutes annoncé par l'éditeur
- Relation patient regroupée sur un écran : dossier pharmaceutique, ADRi, Visiodroit, SMS
- Suivi de stock avec code couleur et monitoring
- Statistiques sur 24 mois glissants, intégration des bons de livraison numériques
- Choix libre du matériel, contrat court et lisible
- Double contrôle des dispensations via un partenariat avec Phealing
Fonctions mises en avant :
- Compatibilité WWKS2 avec les robots et automates du marché français
- Sérialisation intégrée de façon transparente au comptoir
- VisioStock pour les commandes automatiques, VisioScan pour les stocks à distance
- VisioEtiq pour les étiquettes électroniques, VisioLoc pour la location de matériel médical
- VisioCloud, sauvegarde HDS accessible depuis smartphone et tablette
- Service client à Bordeaux, numéro non surtaxé, contact direct avec le développement
Fonctions mises en avant :
- Paramétrage technique fin pour adapter le logiciel aux habitudes de l'équipe
- Engagement limité à 12 mois et aucune option à acheter pour les étiquettes, le robot, les locations ou la sérialisation, selon l'éditeur
- Écran unique pour le tiers payant, la location et la vente hors ordonnance
- Algorithmes de commande éprouvés, télétransmission en SESAM-Vitale 1.40
- Acquisition instantanée des droits via ADRi et Visiodroits
- Crystal Groupe pour partager des informations produits entre adhérents
Les chiffres de parc communiqués en démonstration sont invérifiables. Le GIE SESAM-Vitale publie en revanche des parts de marché par éditeur. Elles sont calculées sur les volumes de feuilles de soins électroniques réellement télétransmises.
Cette donnée est un bon contrepoids commercial : elle mesure des flux constatés, pas des clients revendiqués. La concentration est forte en officine : selon la synthèse annuelle 2025 des entreprises du numérique en santé publiée par le GIE, les deux premiers éditeurs pèsent 75,7 % du marché.
Socle fonctionnel et modules en option
Un LGO se lit en deux blocs : le socle imposé par la réglementation et l'exercice quotidien, puis les modules facturés en supplément. La différence de prix entre deux offres se joue presque toujours sur le second bloc.
Le socle commun à tous les logiciels d'officine
Sans ces fonctions, impossible de tenir une officine ni de respecter les obligations en vigueur.
| Famille | Ce que cela couvre au quotidien |
|---|---|
| Comptoir et dispensation | Lecture du QR code de l'ordonnance numérique, contrôle des interactions, alertes de posologie, vente directe et tiers payant sur un seul écran, gestion sécurisée des stupéfiants. |
| Facturation et tiers payant | Télétransmission SESAM-Vitale, gestion des ALD et de l'AME, liaison avec les organismes complémentaires, suivi des rejets et des retours NOEMIE. |
| Stocks et commandes | Commandes automatiques chez les grossistes répartiteurs, alertes de péremption, inventaire tournant, valorisation du stock. |
| Dossier patient et téléservices | Dossier pharmaceutique, DMP, messagerie sécurisée MSSanté, identité nationale de santé, Mon espace santé, application carte Vitale. |
| Sérialisation | Lecture du DataMatrix de chaque boîte et vérification sur le répertoire national avant délivrance, en application de la directive européenne contre les médicaments falsifiés. |
| Sécurité et conformité | Hébergement de données de santé certifié, sauvegardes chiffrées, traçabilité des accès, conformité RGPD. |
Les modules qui se facturent en supplément
Ces briques améliorent le quotidien de l'équipe ou la rentabilité, sans être obligatoires. Elles sont rarement incluses dans le contrat de base.
| Module | Ce qu'il apporte |
|---|---|
| Nouvelles missions | Prise de rendez-vous de vaccination en officine, dépistages par test rapide, entretiens pharmaceutiques, bilans partagés de médication. Ces missions sont rémunérées par la convention pharmaceutique. |
| Préparation des doses à administrer | Piluliers hebdomadaires pour les EHPAD et les établissements médico-sociaux : plans de posologie, scellage des sachets, traçabilité unitaire. Le module s'interface avec le LGO. |
| Robotique et automates | Connexion à un robot de dispensation via le protocole WWKS2. Le robot stocke et sort les boîtes, ce qui libère du temps au comptoir. |
| Aide à la dispensation par IA | Double contrôle en arrière-plan des prescriptions, avec signalement des interactions et des contre-indications. Ces briques relèvent des outils d'aide à la décision clinique. |
| Fidélisation et relation client | Cartes de fidélité, remises automatiques, SMS de rappel pour un renouvellement ou un rendez-vous de vaccination. |
| Vente en ligne | Site marchand pour la parapharmacie et les médicaments sans ordonnance, casiers de retrait, paiement en ligne. La vente en ligne de médicaments est soumise à déclaration à l'ARS et à un cadre réglementaire précis. |
| Pilotage et tableaux de bord | Chiffre d'affaires, marge, palmarès produits, statistiques glissantes, export comptable au format FEC pour votre expert-comptable. |
| Téléconsultation | Cabine ou espace de téléconsultation dans l'officine, avec prise de rendez-vous et facturation associées. |
Qui utilise le logiciel dans l'équipe
Le LGO est conçu pour toute l'équipe officinale, avec des droits différenciés par profil. La traçabilité des actes pharmaceutiques en dépend, chaque action étant enregistrée au nom de l'utilisateur connecté.
- Le titulaire ou le gérant : accès complet, paramétrage, gestion des droits, validation des commandes, pilotage économique.
- Les pharmaciens adjoints : dispensation, validation pharmaceutique, accès au dossier pharmaceutique et au DMP avec leur propre carte nominative.
- Les préparateurs en pharmacie : comptoir, stocks, réception des commandes, avec une carte de personnel d'établissement.
- Les apprentis et étudiants : accès comptoir sous supervision, sans les données les plus sensibles du dossier pharmaceutique.
- Les rayonnistes : réception et rangement, sans accès aux données patient.
Un compte partagé fait perdre toute valeur à la traçabilité. Comptez une licence nominative par personne dans votre chiffrage, et vérifiez si l'éditeur facture au poste ou à l'utilisateur.
Un LGO peu cher à l'entrée devient onéreux dès que six modules facturés chacun quelques dizaines d'euros par mois s'activent. Demandez le coût total sur 36 mois avec les modules que vous utiliserez réellement, pas une base à laquelle des options s'ajoutent ensuite.
Stocks, commandes et sérialisation
La gestion de stock est la fonction historique du LGO, avant même la facturation. C'est aussi celle qui pèse le plus sur la trésorerie de l'officine.
Ce que gère réellement le module de stock
Un logiciel de gestion de stock d'officine ne se limite pas à un inventaire. Il pilote quatre choses au quotidien.
- Les commandes automatiques vers les grossistes répartiteurs, calculées à partir des ventes passées et des seuils de réapprovisionnement.
- Le suivi des ruptures et des contingentements, avec bascule vers un autre canal d'approvisionnement.
- Les dates de péremption et la rotation des lots, pour limiter la casse et les retours.
- Les emplacements, y compris le stock du robot, de la réserve et du comptoir, quand l'officine est robotisée.
Sur ce terrain, les écarts entre éditeurs sont réels. Demandez à voir l'écran de proposition de commande sur un cas concret, avec vos propres références et vos conditions grossistes.
La souscription sérialisation à ne pas laisser expirer
La sérialisation impose de lire le DataMatrix de chaque boîte de médicament soumis à prescription. Le logiciel vérifie ensuite l'identifiant unique auprès du répertoire national, puis le désactive.
France MVO gère ce système de vérification en France. La plupart des officines y accèdent par le connecteur du Conseil national de l'Ordre des pharmaciens, avec une souscription à renouveler chaque année.
Si la souscription à la sérialisation n'est pas renouvelée dans les délais, l'accès au répertoire de vérification s'interrompt. Selon les configurations, l'accès au dossier pharmaceutique dans le logiciel est affecté au même moment.
Ce n'est pas un incident logiciel et votre éditeur n'y peut rien. Le barème des cotisations et la procédure sont publiés par France MVO. Traitez cette échéance comme la validité de votre carte CPS.
Facturation, tiers payant et facturation électronique
Deux circuits de facturation coexistent en officine et se confondent souvent dans les argumentaires. Ils n'ont ni le même régulateur, ni le même calendrier, ni le même outil.
Le circuit santé, piloté par SESAM-Vitale
La facturation des produits remboursés passe par SESAM-Vitale : feuille de soins électronique, acquisition des droits, retours NOEMIE, traitement des rejets. C'est le cœur de métier historique du LGO et il ne change pas.
Une nuance utile sur les pièces justificatives. Le pharmacien reste dispensé de transmettre l'ordonnance par SCOR quand la prescription est traitée en ordonnance numérique. Pour les prescriptions sans QR code, SCOR continue de s'appliquer.
Le circuit fiscal, piloté par la DGFiP
La réforme de la facturation électronique est un dispositif fiscal, sans rapport avec l'Assurance Maladie. Trois flux se distinguent dans une officine.
| Flux | Nature | Ce qui s'applique |
|---|---|---|
| Achats auprès des grossistes et laboratoires | Factures entre entreprises assujetties à la TVA | Réception obligatoire par une plateforme agréée depuis le 1er septembre 2026, quelle que soit la taille de l'officine |
| Ventes au comptoir aux patients | Transactions avec des particuliers | E-reporting : transmission à l'administration des données de transaction, sans facture électronique à émettre. Échéance du 1er septembre 2027 pour les TPE et PME |
| Ventes à des personnes morales | EHPAD sans pharmacie à usage intérieur, maisons de santé, employeurs | Émission de factures électroniques, au 1er septembre 2027 pour les TPE et PME |
Toutes les officines, quelle que soit leur taille, via une plateforme agréée. Un PDF reçu par courriel n'est pas une facture électronique au sens de la réforme, faute de données structurées et de circuit de transmission conforme.
Concerne surtout vos fournisseurs, grossistes répartiteurs et laboratoires. C'est ce qui déclenche votre obligation de réception.
La quasi-totalité des officines. Vise les factures adressées à des clients professionnels, EHPAD sans PUI compris.
Les ventes aux patients ne donnent pas lieu à facture électronique. Seules leurs données de transaction sont transmises à l'administration.
L'obligation de réception ne dépend pas du chiffre d'affaires. Une officine de quartier qui reçoit trois factures fournisseurs par mois doit disposer d'une plateforme agréée au même titre qu'une grande surface pharmaceutique.
La question à poser à votre éditeur
Le LGO n'est pas une plateforme agréée par la DGFiP. Il peut s'y connecter, la proposer en partenariat, ou vous laisser vous en charger avec votre expert-comptable. Ces trois scénarios n'ont pas le même coût.
Une seule question suffit : la réception des factures fournisseurs via une plateforme agréée est-elle intégrée à mon contrat, par quel prestataire, et à quel tarif. Demandez la réponse par courriel.
Cet écrit vaudra engagement si le service se retrouve facturé en option quelques mois plus tard. Le calendrier officiel et la liste des plateformes agréées sont publiés sur le portail impots.gouv.fr. Le détail des échéances figure aussi dans notre dossier sur la facturation électronique.
Ségur, ordonnance numérique et vague 2
Le Ségur du numérique en santé conditionne l'accès aux services socles. C'est le premier filtre à appliquer avant de comparer des fonctionnalités.
Ce que garantit le référencement Ségur
Le référencement atteste que le logiciel respecte les exigences d'interopérabilité et de sécurité définies par l'État. Concrètement, un LGO référencé sait faire cinq choses.
- Gérer l'identité nationale de santé du patient.
- Alimenter le DMP et Mon espace santé.
- Échanger par carte CPS ou e-CPS avec une authentification renforcée.
- Envoyer des documents par messagerie sécurisée de santé.
- Traiter l'ordonnance numérique.
Le référencement Ségur constitue le cadre qui permet au logiciel de répondre aux exigences d'interopérabilité et d'accéder aux services socles. L'usage de l'ordonnance numérique compte par ailleurs parmi les indicateurs de la rémunération « Numérique et accès aux soins » des pharmaciens. Le référencement se vérifie sur le site de l'Agence du numérique en santé, pas sur la plaquette de l'éditeur.
L'ANS référence un couple solution et numéro de version, pas un éditeur. Une marque référencée peut donc commercialiser une version qui ne l'est pas encore, ou vous laisser sur une version antérieure.
Demandez à l'éditeur le nom exact de la solution et son numéro de version, puis vérifiez ce couple sur le portail industriels de l'ANS. C'est la version installée dans votre officine qui compte, pas le logo affiché sur la plaquette.
L'ordonnance numérique n'est pas encore généralisée
L'ordonnance du 18 novembre 2020, complétée par le décret du 20 décembre 2023, fixait la généralisation au 31 décembre 2024. Cette échéance n'a pas été tenue. L'objectif affiché porte désormais sur l'année 2026 pour les médecins et les officines.
Le point qui compte pour vous : l'équipement ne dit rien de l'usage. L'Assurance Maladie publie ces chiffres, arrêtés à juin 2026.
Toutes les officines disposent d'un logiciel compatible avec l'ordonnance numérique.
Et plus de 40 % des chirurgiens-dentistes. C'est le maillon qui freine encore le circuit.
Plus d'une ordonnance de produits de santé sur deux est déjà numérique côté médecine générale.
Plus d'un tiers des ordonnances numériques de produits de santé sont exécutées au comptoir.
Votre équipe traite les deux formats en parallèle. Le patient présente toujours l'exemplaire papier, et une ordonnance sans QR code reste une ordonnance papier classique, avec transmission SCOR.
Le gain de temps sur les pièces justificatives ne se matérialise donc que sur la part de prescriptions réellement numériques de votre patientèle. Mesurez cette part avant d'arbitrer un changement de logiciel sur ce seul argument.
Ce que prépare la vague 2 du Ségur officine
L'ANS a mis en pré-publication les documents de la vague 2 pour les LGO le 20 juillet 2026. Ces textes sont indicatifs et peuvent évoluer. La parution de l'arrêté est annoncée pour le second semestre 2026, ce qui ouvrira ensuite le financement des mises à jour.
Les évolutions attendues portent sur la qualification systématique de l'identité du patient et l'accès à Mon espace santé depuis le logiciel. S'y ajoutent la structuration des documents de santé, un dossier pharmaceutique plus fluide et l'authentification forte par Pro Santé Connect.
Dans le projet de dispositif, la prestation Ségur inclut une maintenance corrective limitée à cinq ans en vague 2, contre six ans en vague 1. Ces documents restent en pré-publication et gardent une valeur indicative jusqu'à la parution de l'arrêté.
Si vous signez un contrat maintenant, demandez comment la mise à jour vague 2 sera réalisée et facturée. Demandez aussi ce qui restera à votre charge ensuite. Les documents sont consultables sur la page dédiée au dispositif LGO vague 2.
Logiciels de PUI et d'établissement de santé
Les requêtes sur le « logiciel de pharmacie hôpital » aboutissent souvent sur des comparatifs d'officine, qui ne répondent pas à la question. Les deux univers ne se recoupent pas.
Une pharmacie à usage intérieur ne facture pas en SESAM-Vitale. Son logiciel gère le circuit du médicament dans l'établissement : validation pharmaceutique des prescriptions, dispensation nominative ou globale, rétrocession, préparations, traçabilité des dispositifs médicaux implantables et des médicaments dérivés du sang.
| Type de structure | Logiciel adapté | Ce qui change |
|---|---|---|
| Officine de ville | LGO référencé Ségur | SESAM-Vitale, ordonnance numérique, tiers payant, vente directe, robotique |
| Pharmacie à usage intérieur | Pharma et Chimio de Computer Engineering, Phedra, Copilote, Winpharm d'Evolucare | Prescription connectée aux services, rétrocession, préparations, traçabilité au lot, logique de système d'information hospitalier |
| Centre de santé, dispensaire | Logiciel médical pluriprofessionnel | Prescription et suivi patient, pas de gestion officinale au sens strict |
| EHPAD approvisionné par une officine | LGO et module de préparation des doses | Plans de posologie, piluliers, traçabilité unitaire, facturation à l'établissement |
La certification HAS des logiciels d'aide à la dispensation existe aussi pour les PUI, avec un référentiel distinct publié en septembre 2022. Là encore, aucun logiciel certifié n'est recensé à ce jour.
Ce que le logiciel d'officine ne remplace pas
Le LGO couvre la dispensation, la facturation santé et les stocks. Il ne couvre pas la gestion sociale de l'équipe ni la plupart des outils commerciaux. C'est la source de confusion la plus fréquente quand on compare des offres.
L'ANS précise que les solutions connexes au LGO ne sont pas éligibles au référencement Ségur. Un outil de planning, de merchandising ou de caisse ne sera donc jamais « référencé Ségur », par construction.
Si un fournisseur d'outil périphérique met ce label en avant, la mention porte au mieux sur une interface avec un LGO référencé. Faites préciser lequel.
Planning, paie et gestion de l'équipe
La planification en officine obéit à des contraintes propres : gardes de nuit et de week-end, convention collective de la pharmacie d'officine, présence permanente d'un pharmacien diplômé, remplacements. Les LGO ne traitent pas ce périmètre.
Deux familles d'outils coexistent : les plateformes de planification généralistes et les solutions pensées pour l'officine. La paie relève encore d'un troisième outil, souvent celui de votre cabinet comptable. Vérifiez surtout la reprise des heures d'un outil à l'autre, c'est là que se perd le temps gagné.
Merchandising, caisse et vente en ligne
Le merchandising, l'implantation des linéaires et les étiquettes électroniques relèvent de modules complémentaires, parfois vendus par l'éditeur du LGO, parfois par un tiers. La question à trancher est l'interface : sans échange automatique des données produits, l'équipe saisit deux fois.
Sur la caisse, la règle est simple. Une officine ne fonctionne pas avec un logiciel de caisse classique. La dispensation, le tiers payant et la sérialisation ne s'y trouvent pas. Les automates d'encaissement et les bornes se branchent au LGO, ils ne le remplacent pas.
Paramétrage comptable et fiscal
La ventilation de la TVA est un point de paramétrage propre à l'officine, souvent bâclé à l'installation. Quatre taux cohabitent au comptoir.
| Taux | Ce qu'il concerne |
|---|---|
| 2,10 % | Médicaments remboursables par l'Assurance Maladie, honoraires de dispensation et rémunération de certains services pharmaceutiques |
| 10 % | Médicaments non remboursables |
| 5,5 % | Appareillages et équipements pour personnes handicapées, laits et aliments infantiles |
| 20 % | Parapharmacie, cosmétique, médicaments à usage vétérinaire, cotons et pansements |
Ces taux sont donnés à titre d'exemple. La qualification fiscale exacte dépend de la nature du produit et de son régime, à valider avec votre expert-comptable au moment du paramétrage.
Vérifiez aussi l'export au format FEC pour votre expert-comptable, ainsi que l'interfaçage avec son propre logiciel. Un export mal paramétré se paie en heures de saisie chaque trimestre.
Quel logiciel selon votre profil d'officine
Le choix se joue sur quatre éléments : la taille de l'officine, l'appartenance à un groupement, la priorité fonctionnelle et le niveau de dépendance technique accepté.
Pharmacie indépendante de quartier
Trois à huit postes, équipe stable, pas de projet multi-sites. Vous cherchez un logiciel fiable, sans verrouillage commercial, avec une hotline qui répond vite.
- Contrat sans engagement long pour garder la main sur votre budget
- Hotline directe non surtaxée et intervention sur site rapide
- Tarif lisible sans option cachée pour le Ségur ou le robot
Grande officine à fort volume
Plus de dix postes, ordonnances en flux continu, parfois un robot. Vous avez besoin d'un écosystème complet et d'un support terrain capable d'intervenir dans la journée.
- Réseau d'agences régionales pour une intervention sur place
- Modules de pilotage avancés et sauvegarde externalisée
- Robotique et automatisation intégrées nativement
Officine adhérente d'un groupement
Votre groupement dispose souvent d'un logiciel de référence, intégré à son écosystème commercial : achats centralisés, fidélisation, formation.
- Logiciel intégré au groupement pour les achats centralisés
- Outils de coordination entre adhérents
- Conditions commerciales négociées par la centrale
Projet multi-sites ou plusieurs officines
Deux pharmacies ou plus, achats consolidés, reporting global. Vous privilégiez la centralisation des données et la facilité de déploiement sur un nouveau site.
- Architecture cloud ou hybride avec hébergement de données de santé
- Gestion multi-sites centralisée pour les stocks et les droits
- Accès à distance depuis n'importe quel appareil connecté
Prix d'un logiciel de pharmacie et retour sur investissement
D'après les devis que nous avons reçus et nos relevés, comptez entre 200 et 400 € par mois pour un LGO. Soit 2 400 à 4 800 € par an. Cette fourchette varie selon la taille de l'officine, le nombre de postes, les modules activés et la durée du contrat.
Aucun éditeur ne publie de grille tarifaire. Pour comparer utilement, raisonnez en coût total sur 36 mois et ramenez le résultat au nombre d'ordonnances traitées.
Les six postes de coût à anticiper
| Poste | Ce qu'il recouvre | Quand |
|---|---|---|
| Licences et mise en service | Licence, installation, paramétrage des utilisateurs, du tiers payant et des téléservices, accompagnement de démarrage. | À l'installation |
| Matériel | Postes, lecteurs de carte Vitale, imprimantes, terminaux d'inventaire. Vérifiez la compatibilité avec le parc existant. | À l'installation puis au renouvellement |
| Formation de l'équipe | Deux à trois jours pour une équipe standard, construits sur des cas réels : ordonnance complexe, rejet, inventaire, commande automatique. | À l'installation puis à trois mois |
| Migration des données | Patients, historiques de délivrance, stocks et paramètres. Le forfait dépend de la profondeur d'historique et de la qualité de la base. | À la bascule |
| Modules optionnels | Aide à la dispensation, automatisation des achats, rendez-vous de vaccination, décisionnel, interface robot. | Mensuel ou annuel |
| Maintenance et hébergement | Correctifs, évolutions réglementaires, sauvegardes, hébergement certifié. Lisez les horaires et les délais de prise en charge. | Récurrent |
Postes de coût relevés dans les devis reçus et les documentations éditeurs, septembre 2026.
Ce que recouvre chaque fourchette
Les montants ci-dessous correspondent aux devis que nous avons reçus. Ils servent de repère de négociation, pas de grille officielle.
| Fourchette | Ce que cela couvre | Profil d'officine |
|---|---|---|
| 200 à 250 €/mois | Socle seul : dispensation, tiers payant, stocks, téléservices Ségur, maintenance. Modules en supplément. | Officine de quartier, deux à quatre postes |
| 250 à 320 €/mois | Socle plus deux ou trois modules courants : automatisation des commandes, rendez-vous de vaccination, tableau de bord. | Officine moyenne, cinq à huit postes |
| 320 à 400 €/mois | Offre complète avec interface robot, décisionnel, sauvegarde externalisée et accompagnement renforcé. | Grande officine, multi-sites ou robotisée |
Fourchettes indicatives issues des devis reçus, hors matériel et hors migration, septembre 2026.
Au-delà du montant mensuel, trois points méritent une lecture attentive du contrat : les frais d'export de données en fin de contrat, la durée d'engagement réelle, et le tarif des évolutions facturées module par module.
Un logiciel bon marché à l'achat devient onéreux sur cinq ans si chaque brique se facture en supplément. Faites chiffrer la sortie avant l'entrée.
Où se situe le retour sur investissement
Le retour sur investissement d'un LGO se mesure sur trois axes concrets, pas sur le nombre de fonctionnalités.
- Le temps au comptoir. Le scan d'une ordonnance numérique fait gagner quelques secondes par dispensation. Sur une officine à fort flux, ces secondes se cumulent en heures chaque semaine.
- Les erreurs évitées. Les modules de double contrôle analysent les prescriptions en arrière-plan et signalent les anomalies. Moins de reprises, moins de litiges.
- La marge sur les achats. L'automatisation des commandes ajuste les quantités au réel des ventes. Moins de surstock, donc moins de trésorerie immobilisée.
Un logiciel riche exploité à 30 % de ses capacités produit moins de valeur qu'un logiciel simple maîtrisé par toute l'équipe. Le budget formation compte davantage que le nombre de modules.
Aucun éditeur ne garantit un retour sur investissement sans test sur votre flux réel. Lorsque l'éditeur le permet, demandez une période d'essai de deux à quatre semaines, branchée sur vos postes, vos lecteurs et vos flux de tiers payant.
Mesurez en heures pleines et en heures creuses, avec un référent interne et un relevé quotidien de quinze minutes.
Points techniques à connaître
Client lourd ou cloud
Le choix entre logiciel installé sur serveur local et logiciel accessible par Internet structure votre infrastructure pour plusieurs années. Le tableau ci-dessous donne les tendances, pas une règle absolue : le comportement réel dépend de la solution et de la fonction concernée.
| Critère | Client lourd | Cloud |
|---|---|---|
| Fonctionnement hors connexion | Souvent oui, avec synchronisation au retour du réseau. Certaines fonctions restent liées à des téléservices | Mode dégradé, dont l'étendue varie selon l'éditeur |
| Serveur local à acquérir | Oui | Non |
| Mises à jour | Planifiées, parfois bloquantes | Automatiques et transparentes |
| Compatibilité Mac | Rare | Native par navigateur |
| Multi-sites | Module spécifique nécessaire | Natif |
| Exemples | LGPI, Winpharma, Pharmaland, Crystal, VisioPharm | Pharmony One |
Le protocole WWKS2 pour les robots
WWKS2 est le protocole standard qui permet au logiciel de dialoguer avec un robot de dispensation. Les principaux LGO du marché le prennent en charge. Le protocole facilite l'interopérabilité, il ne suffit pas à la garantir.
Vérifiez toutefois le couple éditeur et constructeur avant l'achat, puis testez en conditions réelles : pic d'activité, boîte introuvable, panne du robot. Prévoyez une procédure manuelle de secours et un contact technique identifié des deux côtés.
Sauvegarde et cybersécurité
Une officine bloquée par un rançongiciel ne délivre plus. Trois garanties sont à obtenir par contrat auprès de l'éditeur.
- Une sauvegarde externalisée chiffrée et automatique, avec un test de restauration réalisé chaque trimestre sur un poste vierge.
- Une bascule vers un serveur de secours en cas de défaillance matérielle.
- Un plan de reprise documenté, avec un délai de remise en service écrit dans le contrat.
Le premier geste est d'isoler les postes touchés du réseau, câble débranché et Wi-Fi coupé, pour stopper la propagation. Préservez ensuite les traces techniques et suivez la procédure publiée par les services de l'État plutôt que d'improviser.
Contactez ensuite votre éditeur et votre prestataire informatique. Signalez l'incident sur Cybermalveillance.gouv.fr, notifiez la CNIL sous 72 heures en cas de violation de données, puis déposez plainte.
Côté organisation, la règle de base reste le compte nominatif. Chaque salarié dispose de son propre identifiant, jamais partagé, avec des droits adaptés à son rôle. Le compte se désactive le jour du départ du salarié, pas la semaine suivante.
Choisir et vérifier par vous-même
Il n'existe pas de meilleur logiciel de pharmacie dans l'absolu. Le bon outil correspond à votre volume d'ordonnances, à votre équipe et à votre projet. Changer en cours de route coûte du temps, de l'argent et parfois des données.
Les fonctions à comparer en démonstration
Au-delà du prix, six points structurent le quotidien du comptoir. Chacun se teste, aucun ne se juge sur une plaquette.
Lecture native du QR code, reconnaissance des produits, substitution générique, alertes d'interaction. Le scan doit rester instantané en période d'affluence.
Version du cahier des charges SESAM-Vitale, acquisition automatique des droits, gestion des complémentaires, transmission SCOR. Demandez le taux de rejets constaté.
Seuils de réapprovisionnement, échanges avec les grossistes, suivi multi-stocks réserve, comptoir et robot, traçabilité des lots et des péremptions.
Prise de rendez-vous, entretiens pharmaceutiques, bilans partagés de médication, dépistages. Ces missions sont rémunérées, le logiciel doit en tracer les actes.
Référencement Ségur contrôlé sur le site de l'ANS, hébergement certifié pour les briques en cloud, sérialisation opérationnelle, traçabilité des stupéfiants.
Tableaux de bord en temps réel, base médicamenteuse à jour, double contrôle des prescriptions, téléconsultation si vous équipez un espace dédié.
Toutes ces fonctions n'ont pas le même poids selon votre officine. Le tableau ci-dessous sépare ce qui conditionne l'activité de ce qui relève du confort.
| Bloc fonctionnel | Ce que cela couvre | Priorité |
|---|---|---|
| Dispensation et sécurité | Ordonnance numérique, interactions, stupéfiants, sérialisation | Prioritaire |
| Facturation et tiers payant | SESAM-Vitale, droits en temps réel, rejets, complémentaires | Prioritaire |
| Stocks et achats | Commandes automatiques, ruptures, péremptions, inventaire | Prioritaire |
| Conformité Ségur et hébergement | INS, DMP, MSSanté, Mon espace santé, données hébergées en France | Prioritaire |
| Support et réversibilité | Délai d'intervention, horaires, formats d'export, frais de sortie | Prioritaire |
| Nouvelles missions | Vaccination, entretiens, bilans de médication, dépistages | Selon profil |
| Robotique et automatisation | Interface WWKS2, étiquettes électroniques, encaissement automatique | Selon profil |
| Décisionnel et marketing | Tableaux de bord avancés, fidélisation, vente en ligne, merchandising | Optionnel |
Les six vérifications avant de signer
- Le référencement Ségur, contrôlé sur le site de l'ANS et non sur la plaquette commerciale.
- L'ordonnance numérique testée en démonstration avec une vraie prescription à QR code.
- L'hébergement des données de santé, avec attestation et localisation des centres de données.
- La facturation électronique, en demandant par écrit qui fournit la plateforme agréée et à quel prix.
- La réversibilité, avec les formats d'export possibles et les frais associés, obtenus avant signature.
- Les références clients, en appelant deux titulaires équipés depuis plus d'un an, pas ceux fournis par le commercial.
Les erreurs qui reviennent le plus souvent
Le coût des modules optionnels double parfois la facture annuelle. Demandez systématiquement le coût total sur 36 mois, modules inclus, avant de comparer deux offres.
Sans clause écrite sur la portabilité des données, vous dépendez du bon vouloir de l'éditeur au moment de partir. Cette clause se négocie à l'entrée, jamais à la sortie.
Un logiciel mal exploité coûte plus cher qu'un logiciel plus onéreux mais maîtrisé. Prévoyez deux à trois jours au démarrage et une session de rappel trois mois plus tard.
Une démonstration commerciale ne reflète pas le comptoir un samedi matin. Fixez vos scénarios, testez en heure de pointe et notez chaque critère.
La souscription à la sérialisation et le renouvellement des cartes de l'équipe ne dépendent pas de l'éditeur. Une échéance manquée bloque pourtant le comptoir.
Logiciel santé par profession
Ce guide traite l'exercice officinal. Chaque profession a ses contraintes propres : nomenclature, trames métier, mobilité, matériel. Nos autres guides suivent la même méthode.
Questions fréquentes
Que veut dire LGO ?
LGO signifie logiciel de gestion d'officine. C'est l'outil métier du pharmacien de ville.
L'Agence du numérique en santé retient cinq fonctions minimales pour qu'un logiciel entre dans cette catégorie : la facturation Assurance Maladie et le tiers payant en SESAM-Vitale, la compatibilité avec le dossier pharmaceutique, l'historique des délivrances, une base de données sur les médicaments et la gestion des stocks. Un outil de caisse ou de planning n'est donc pas un LGO.
Quel est le meilleur logiciel de pharmacie en 2026 ?
Cela dépend de votre profil d'officine. LGPI reste le choix des structures à fort volume et des multi-sites. Winpharma vise l'indépendance contractuelle et l'automatisation des achats. Smart-RX s'appuie sur un écosystème e-santé complet. LEO fonctionne sur un modèle coopératif. Pharmony One est proposé en architecture cloud.
Testez deux ou trois solutions en conditions réelles avant de trancher. Une démonstration ne remplace pas un essai sur votre propre flux d'ordonnances.
Quel est le prix d'un logiciel de pharmacie ?
Comptez de 200 à 400 € par mois selon nos relevés, soit 2 400 à 4 800 € par an. Aucun éditeur ne publie de grille tarifaire, tous travaillent sur devis.
Le montant dépend de la taille de l'officine, du nombre de postes, des modules activés et de la durée d'engagement. Demandez un chiffrage à deux ou trois éditeurs sur une base identique, puis comparez le coût total sur 36 mois.
Existe-t-il un logiciel de pharmacie gratuit ou en téléchargement libre ?
Non. Aucun logiciel d'officine référencé Ségur n'est gratuit en France, ni proposé en téléchargement libre.
Les exigences réglementaires imposent un coût permanent : hébergement certifié, ordonnance numérique, identité nationale de santé, SESAM-Vitale, sérialisation. La plupart des éditeurs proposent en revanche une démonstration ou une période d'essai avant engagement.
Comment vérifier qu'un logiciel est bien référencé Ségur ?
Le référencement se contrôle sur le portail industriels de l'Agence du numérique en santé, qui publie les solutions référencées par couloir et par vague.
Demandez à l'éditeur le nom exact de la solution et son numéro de version, puis recherchez cette version. Un éditeur peut être référencé sur une version que vous n'utilisez pas encore. C'est la version installée dans votre officine qui compte.
Mon logiciel gère-t-il la facturation électronique obligatoire ?
Le LGO n'est pas une plateforme agréée par l'administration fiscale. Il s'y connecte, ou vous laisse la choisir vous-même.
Depuis le 1er septembre 2026, toute officine doit pouvoir recevoir ses factures fournisseurs au format électronique via une plateforme agréée. L'émission des factures vers des clients professionnels suivra au 1er septembre 2027 pour les TPE et PME. Les ventes au comptoir relèvent, elles, de l'e-reporting : vous transmettez des données de transaction, pas une facture électronique. Le tiers payant continue de passer par SESAM-Vitale.
Quel logiciel pour une pharmacie hospitalière ou une PUI ?
Les logiciels d'officine et de pharmacie à usage intérieur ne se recoupent pas. Une PUI ne facture pas en SESAM-Vitale.
Son logiciel gère la validation pharmaceutique, la dispensation nominative ou globale et la rétrocession. Il assure aussi les préparations et la traçabilité au lot des dispositifs médicaux implantables. Les solutions couramment déployées en établissement sont Pharma et Chimio de Computer Engineering, Phedra, Copilote et Winpharm d'Evolucare.
Un logiciel d'officine peut-il fonctionner sans connexion Internet ?
Cela dépend de l'architecture. Les solutions en client lourd installées sur un serveur local continuent de fonctionner sans Internet, puis synchronisent au retour du réseau.
Les solutions entièrement en cloud nécessitent une connexion permanente et proposent un mode dégradé. Demandez à l'éditeur, par écrit, ce qui reste possible au comptoir pendant une coupure et pendant combien de temps.
Quels logiciels de pharmacie sont compatibles Mac ?
Peu de solutions. Pharmony One, entièrement en cloud, s'utilise sur Mac depuis un navigateur. Vindilis annonce également une compatibilité Mac et PC.
La grande majorité des logiciels du marché français fonctionnent sous Windows. Si vous tenez à un environnement Apple, orientez-vous vers les solutions en cloud plutôt que vers un émulateur.
Peut-on connecter un robot de dispensation au logiciel ?
Oui, via le protocole standard WWKS2, pris en charge par les principaux logiciels d'officine. Le robot dialogue avec le logiciel pour stocker et sortir les boîtes.
Vérifiez le couple éditeur et constructeur avant l'achat. Testez en conditions réelles, pics d'activité et cas de panne compris, et prévoyez une procédure manuelle de secours.
Le logiciel d'officine gère-t-il le planning et la paie de l'équipe ?
Non. Les LGO couvrent la dispensation, la facturation santé et les stocks, pas la gestion sociale.
Le planning d'officine relève d'outils dédiés, généralistes ou spécialisés, qui prennent en compte les gardes, la convention collective et la présence permanente d'un pharmacien. La paie passe le plus souvent par le cabinet comptable. Ces outils ne sont pas éligibles au référencement Ségur, qui ne concerne que le LGO.
Comment changer de logiciel sans perdre ses données ?
Demandez un export complet dans un format standard avant de résilier, jamais après. Une fois le contrat clos, l'accès aux données est parfois facturé ou fermé.
Vérifiez le préavis de résiliation et les frais d'export auprès de votre éditeur actuel. Confirmez ensuite que le nouvel éditeur sait importer vos fichiers et reconstituer les historiques utiles. Une migration demande plusieurs semaines de préparation, à caler avec les deux éditeurs.
Que se passe-t-il si mon éditeur est racheté ?
Le marché se concentre. Alliadis est devenu Smart-RX, et Isipharm a repris la branche ActiPharm de MSI 2000 en septembre 2025, avec migration progressive du parc vers LEO.
En pratique, le logiciel racheté continue de fonctionner un temps, puis les développements s'arrêtent et une migration est proposée. Si votre solution est concernée, demandez le calendrier de migration, les conditions commerciales et le sort de vos historiques.
Un logiciel d'officine est-il certifié par la HAS ?
Pas aujourd'hui. La HAS publie un référentiel de certification des logiciels d'aide à la dispensation d'officine, en vigueur depuis janvier 2022, avec 117 critères.
Cette certification est facultative depuis la loi de financement de la sécurité sociale pour 2019. Au 5 janvier 2026, la HAS indique qu'aucun logiciel d'aide à la dispensation d'officine ni de PUI n'est certifié. Quand un éditeur emploie le mot certifié, demandez de quelle certification ou de quel référencement il parle exactement.
L'exercice officinal est encadré par l'Ordre national des pharmaciens, qui recensait 75 731 pharmaciens inscrits au 1er janvier 2026. Les préparateurs en pharmacie relèvent, eux, d'un cadre professionnel distinct.
Sur les obligations de formation aux gestes d'urgence dans la profession, voir notre guide sur l'AFGSU du pharmacien et notre fiche métier pharmacien.
Sources officielles
